Αν και τα αυτοαντισώματα αντι-GBM είναι απαραίτητα για την εκδήλωση του συνδρόμου, το ερέθισμα προς παραγωγή αντι-GBM αντισωμάτων παραμένει αδιευκρίνιστο. Έτσι, κυκλοφορούντα ειδικά αυτοαντισώματα ανιχνεύονται σε ποσοστό 90% των ασθενών, ενώ η καθήλωσή τους στη βασική μεμβράνη των σπειραμάτων ανιχνεύεται σχεδόν σε όλους τους ασθενείς και στους περισσότερους και στη βασική μεμβράνη της κυψελιδοτριχοειδικής μεμβράνης. Η παθητική μετάγγιση των αντισωμάτων από πάσχοντα άτομα σε πειραματόζωα, προκαλεί την ανάπτυξη σπειραματονεφρίτιδας στα τελευταία, αλλά δεν κατακρατούνται στη βασική μεμβράνη της κυψελιδοτριχοειδικής μεμβράνης, εκτός εάν το προσβαλλόμενο πειραματόζωο υπέστη πριν την έγχυση τις τοξικές επιδράσεις της υπεροξίας ή των υδρογονανθράκων. Η τελευταία διαπίστωση είναι συνηγορητική ότι πριν από την αυτοαντισωματική βλάβη στις κυψελίδες πρέπει να προηγηθεί διαταραχή της κυψελιδοτριχοειδικής διαπερατότητας, εξ αιτίας της οποίας μπορεί να διευκολύνονται τα αντισώματα να διαπεράσουν τα πνευμονικά τριχοειδή. Συνηγορητικό της διαπιστώσεως αυτής είναι η κλινική διαπίστωση ότι ερεθιστικοί παράγοντες, όπως το κάπνισμα, η υπερφόρτωση με υγρά, η έκθεση σε υδρογονάνθρακες και οι λοιμώξεις του αναπνευστικού μπορεί να διευκολύνουν την εκδήλωση κυψελιδικής αιμορραγίας, σε άτομα με αντι-GBM. Πρόσφατα, το αντιγόνο στόχος των αντι-GBM αντισωμάτων έχει αναγνωρισθεί ότι είναι ο τύπος IV του κολλαγόνου, που αποτελεί συστατικό στοιχείο των βασικών μεμβρανών οπουδήποτε στο σώμα, έστω και εάν είναι γνωστή η από όργανο σε όργανο ετερογένειά του. Ακριβώς αυτή η ιστική ετερογένεια του κολλαγόνου τύπου IV μπορεί να ερμηνεύει γιατί τα αντι-GBM αντισώματα προκαλούν βλάβες μόνο στη βασική μεμβράνη των σπειραμάτων και της κυψελιδοτριχοειδικής μεμβράνης.
Εντοπίζονται διάφοροι γενετικοί παράγοντες που μπορεί να διαδραματίζουν κεντρικό ρόλο στην ανάπτυξη του συνδρόμου Goodpasture. Μεταξύ αυτών, η επίπτωση των ισοαντιγόνων ιστοσυμβατότητας ΗLA-DRw2 και HLA-Β7 είναι πολύ υψηλότερη μεταξύ των ασθενών, συγκριτικά με το γενικό πληθυσμό. Έχει, πράγματι, αναγνωρισθεί μια οικογενής προδιάθεση στο σύνδρομο.