Μιά από τις ενισχυμένες λειτουργίες των μακροφάγων, που χαρακτηρίζεται ως περισσότερο κατευθυνόμενη, είναι ο κεντρικός τους ρόλος στο σχηματισμό κοκκιωμάτων, ως απάντηση αντιστάσεως της αντιγονικής ύλης στην ενδοκυττάρια πέψη και την απόσυρσή της, ακόμη και μετά τη διαμεσολαβούσα μέσω διεγερμένων Τ-κυττάρων επίκτητη ανοσολογική απάντηση. Όπως είναι γνωστό, κοκκίωμα σχηματίζεται όταν τα συγκεντρωμένα ιστικά μακροφάγα διαφοροποιούνται σε εκκριτικά, επιθηλιοειδή κύτταρα και γιγαντοκύτταρα. Η λεπτομερής διαδικασία δεν έχει διευκρινισθεί, αλλά είναι γνωστό ότι ο σχηματισμός κοκκιώματος συνοδεύεται με την παραγωγή μορίων προσφύσεως, όπως oι CD11b, οι CD54 και ο παράγων αυξήσεως των ινοβλαστών (fibroblast growth factor), από τα κΜ και την αυξημένη παραγωγή ινοδεσμίνης (fibronectin). Το κοκκίωμα αναγνωρίζεται σε μεγάλη ποικιλία πνευμονικών νοσημάτων. Μία μέθοδος ταξινομήσεως των κοκκιωματωδών διάμεσων πνευμονοπαθειών βασίζεται στο εάν η αιτία είναι γνωστή ή άγνωστη. Στη πρώτη ομάδα κατατάσσονται λοιμώξεις όπως η φυματίωση και οι μύκητες, το βηρύλλιο και η εξ' υπερ-ευαισθησίας πνευμονίτιδα εξ' οργανικών αντιγόνων. Στη δεύτερη ομάδα ανήκει η σαρκοείδωση, το ηωσινοφιλικό κοκκίωμα, η βρογχοκεντρική κοκκιωμάτωση, η λεμφοματοειδής κοκκιωμάτωση και η κοκκιωματώδης αγγειΐτιδα. Στις γνωστής αιτιολογίας παθήσεις απαιτείται μια αντιγονική διέγερση ή διερεθισμός εξ' επιμερισμένης ύλης. 'Αλλες μέθοδοι ταξινομήσεως των κοκκιωματωδών νοσημάτων βασίζονται στη μορφολογία του κοκκιώματος, όπως το νεκροτικό κοκκίωμα, το τυροειδοποιούμενο, ή εκ των κυττάρων Langerhans. 'Αλλοι προτιμούν τοπογραφικές διακρίσεις όπως βρογχοκεντρική σε διαστολή με την αγγειοκεντρική νόσο ή, τέλος, μέσω διερευνήσεως μηχανισμών παθογένειας, όπως ανοσολογική κ.λπ. Η ιστολογική βάση των παθήσεων διαμορφώνεται από τον ειδικό τρόπο οργανώσεως των μακροφάγων που συγκεντρώνονται στην περιοχή, που συνιστούν δύο κατά βάση τύπους βλάβες: το κοκκίωμα ξένου σώματος ή μη ανοσολογικό και το κοκκίωμα υπερευαισθησίας ή ανοσολογικό ή επιθηλιοειδές. Τα περισσότερα κοκκιώματα συντίθενται από μίγμα μονοκυττάρων ενεργοποιημένων μακροφάγων, επιθηλιοειδών κυττάρων και γιγαντοκυττάρων που συνοδεύονται από λεμφοκύτταρα. Στα κοκκιώματα ξένου σώματος συγκεντρώνονται επίσης ουδετερόφιλα αλλά σχετικά λίγα λεμφοκύτταρα. Ο βαθμός φλεγμονής και η ινωτική αντίδραση εμφανίζει ποικιλία. Το εξ' υπερευαισθησίας κοκκίωμα εμφανίζει ταχύτερο μετασχηματισμό των μακροφάγων. Τα επικουρικά Τ-λεμφοκύτταρα εντοπίζονται γύρω από την περιφέρεια ή μέσα στη κεντρική περιοχή των μακροφάγων. Γιγαντοκύτταρα, πλασματοκύτταρα, ηωσινόφυλα, σιτευτικά κύτταρα και ινοβλάστες περιγράφονται επίσης. Η χημική ανοσία εμφανίζει διέγερση, καθώς ανοσοσυμπλέγματα ευρίσκονται μέσα στα κοκκιώματα ιδίως τα προερχόμενα από αγγειΐτιδες. Τα κοκκιώματα προέρχονται από την πέψη εκ μέρους των κυψελιδικών μακροφάγων ξένων αντιγονικών υλών, η οποία ακολουθείται από την απελευθέρωση κυτοκινών και την παρουσία επικουρικών Τ-λεμφοκυττάρων. Οι κιτοκίνες IL-1 και ο TNF παράλληλα με τους μεταβολίτες του αραχιδονικού οξέος αποτελούν σημαντικούς παράγοντες για την πυροδότηση και την συντήρηση της λεμφοκυτταρικής ενεργοποιήσεως. Των κοκκιωμάτων προηγούνται οξείες ή χρόνιες φλεγμονώδεις αντιδράσεις ή άλλη βλάβη στο πνευμονικό παρέγχυμα. Π.χ. του ηωσινοφιλικού κοκκιώματος προηγείται επιθηλιακή βλάβη που ακολουθείται από απόπτωση και ενδοκυψελιδική ίνωση. Της σαρκοειδώσεως προηγείται σχηματισμός κοκκιώματος λεμφοκυτταρικού ή μονοκυτταρικού ή πνευμονίτιδα εξ υπερευαισθησίας.
Τα λεμφοκύτταρα διαδραματίζουν κεντρικό ρόλο στο σχηματισμό κοκκιώματος, καθώς παράγουν λεμφοκίνες που ενεργοποιούν τα μακροφάγα. Μερικά μακροφάγα συντήκονται προκειμένου να σχηματίσουν γιγαντοκύτταρα, αλλά αυτά αποτελούν λιγότερο του 5% όλων των μακροφάγων. Τα μακροφάγα στο κοκκίωμα εμφανίζουν λειτουργική ετερογένεια σε ότι αφορά την μικροβιοκτόνο και ογκο-κτόνο δράση τους, τη φαγοκυττάρωση, την έκκριση μεσολαβητών φλεγμονής και την παρουσίαση αντιγόνων. Η απομόνωση των κυττάρων αυτών από τον κοκκιωματώδη σχηματισμό προκειμένου να διερευνηθούν τα λειτουργικά τους χαρακτηριστικά είναι δυσχερής, αλλά μορφολογικά υπάρχει ευρεία μεταβλητότητα στην περιεκτικότητα λυσσοσωμιακών ενζύμων και τον αριθμό των υποδοχέων Fc. Η ίνωση αναπτύσσεται σταδιακά επί επίμονης κοκκιωματώδους φλεγμονής. Προκαλεί διαταραχές στη φυσιολογική αρχιτεκτονική του πνεύμονος μέσω μηχανισμών καταστροφής ιστικών στοιχείων ή εκστροφής του προσανατολισμού τους. Εναλλακτικά εάν απαχθεί ο προκλητικός αντιγονικός παράγων το κοκκίωμα υποστρέφεται αφ' ενός μεν λόγω μειώσεως του φλεγμονώδους ερεθίσματος και αφ' ετέρου λόγω αυξήσεως του αριθμού των κατασταλτικών Τ-κυττάρων και αυξήσεως της απελευθερώσεως αντιφλεγμονωδών παραγόντων.